برای ایجاد پیکربندی اولیه در شبیه سازی مولکولی نیاز به نرم افزار پکمول (Packmol) دارید. این نرم افزار مولکولهای شما را به تعداد دلخواه و با چگالی معین در جعبه شبیه سازی شما قرار می دهد. این آموزش در محیط لینوکس ubuntu بوده و مدت آن ۲۱ دقیقه و حجم آن ۷۲ مگابایت است. فرمت فایل mp4 می باشد. تاریخ انتشار: ۶ فروردین ۱۳۹۵
(آموزش تصویری lammps) در این آموزش شما یاد خواهید گرفت که چگونه نرم افزار شبیه سازی دینامیک مولکولی لمپس (LAMMPS) را هم بصورت موازی (Parallel) و هم سریال (Serial) در محیط لینوکس ubuntu نصب کنید. دو روش برای شما ذکر خواهد شد که شما را قادر می سازد به آسانی این نرم افزار را رسم کنید و برنامه های خود را اجرا کنید. یک مثال هم در این آموزش بصورت موازی و هم بصورت سریال اجرا خواهد شد. کیفیت فیلم HD است.
این آموزش که بصورت فایل pdf و در ۶ صفحه تنظیم شده است کار با نرم افزار BioVEC در محیط ویندوز را شرح داده است. شما می توانید نتایج شبیه سازیهای دینامیک مولکولی ذرات دیسک گونه - ذرات کروی - ذرات بیضی گون را نمایش دهید. نتایج شبیه سازیهایی نظیر کریستالهای مایع و درشت دانه نیز قابل نمایش است. پیوند بین ذرات در صورت وجود را نمایش داده و می توان ذرات با قطرهای مختلف را با رنگهای مختلف به نمایش درآورد. این آموزش به همراه فایلهای مرتبط با یک مثال برای دانلود قرار داده شده است. تاریخ انتشار: ۶ فروردین 1395