برای ایجاد پیکربندی اولیه در شبیه سازی مولکولی نیاز به نرم افزار پکمول (Packmol) دارید. این نرم افزار مولکولهای شما را به تعداد دلخواه و با چگالی معین در جعبه شبیه سازی شما قرار می دهد. این آموزش در محیط لینوکس ubuntu بوده و مدت آن ۲۱ دقیقه و حجم آن ۷۲ مگابایت است. فرمت فایل mp4 می باشد. تاریخ انتشار: ۶ فروردین ۱۳۹۵
(آموزش LAMMPS) در این آموزش تصویری عنصر آلومینیوم در یک شبکه با ثابت شبکه دلخواه شبیه سازی می شود. سپس با استفاده از دستورات minimize و fix box/relax انرژی سیستم را به کمینه حالت می رسانیم سپس ثابت شبکه Lattice Constant و انرژی بستگی Cohesive Energy را بدست می آوریم. مدت آموزش در حدود ۳۵ دقیقه است. تاریخ انتشار ۹۵/۳/۳۱